因為在凝膠色譜柱分析中凝膠與溶質分子之間原則上不會發生任何作用，因此在一次分離后用流動相稍加平衡就可以運行下一次的色譜操作。但在實際應用中常有一定的污染物污染凝膠。對已沉積于凝膠床表面的不溶物可把表層凝膠曲調，在適當增補一些新的溶漲膠，并運行重新平衡處理；如果整個柱有微量污染，可用0.5molNaCl溶液洗脫。在通常情況下，一根凝膠柱可使用半年之久。

　　凝膠色譜柱若經多次使用后，其色澤改變，流速降低，表面有污漬等就要對凝膠運行再生處理。凝膠的再生是指用恰當的方法除去凝膠中的污染物，使其恢復其原來的性質。交聯葡萄糖凝膠廠用溫熱的0.5mol/L氫氧化鈉和0.5mol/L的氯化鈉和混合液浸泡，用水沖洗到中性；而對于聚丙烯酰胺和瓊脂糖凝膠由于遇酸堿不穩定，則常用鹽溶液浸泡，然后用水沖到中性。
　　凝膠色譜柱存儲
　　經常使用的凝膠以濕態保存為主，為了避免凝膠床染菌，可加少許氯仿、苯酚或硝基苯等化學物質，它可以使色譜柱放置幾個月至一年。凝膠的干燥應先對凝膠運行浮選，除去細小的顆粒，并用大量水洗，除去鹽和污染物，然后逐步增加一春濃度使凝膠收縮，在60~80度干燥，在整個操作過程中的蒸餾水、器皿和房間必須干凈。瓊脂糖凝膠的干燥操作比較麻煩，并且干燥后還不容易溶張，所以一般仍以濕態保存為主。
　　PW系列凝膠色譜柱的填料是親水而剛性，多孔球型，化學和機械性能都非常優異的聚合物。適用于以凝膠色譜的模式碳硫分析儀分離蛋白質、多肽、多糖、寡糖、DNA、RNA、水溶性的有機聚合物和其他水溶性大分子樣本等。PW系列色譜柱的PH適用范圍為2－12，可使用含有50%的混合有機溶劑為流動相，使用溫度可達80℃（TSK-gel G-DNA-PW為50℃）。盡管大多數的PW填料呈微弱的負電性（約5~8μ eq/mL），但是對于碳硫分析儀分離非離子、陰離子和大多數的陽離子型樣本沒有任何影響。因為PW填料具有非常寬的分離范圍，更加線性的校正曲線以及比SW色譜柱更加低得多的吸附特性，所PW色譜柱經常用于分離水溶性的合成聚合物。
　　相對而言，SW色譜柱適合于碳硫分析儀分離單分散性的陶粒濾料大分子，如蛋白等，而PW色譜柱則更加適合于如多糖和合成聚合物等多分散性樣本的碳硫分析儀分離。