分離的原理是基于離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。適用于親水性陰、陽離子的分離。

　　離子色譜儀的工作過程是: 輸液泵將流動相以穩定的流速( 或壓力) 輸送至分析體系, 在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入, 流動相將樣品帶入色譜柱, 在色譜柱中各組分被分離, 并依次隨流動相流至檢測器, 抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統, 即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑制器, 在抑制器中, 流動相的背景電導被降低, 然后將流出物導入電導檢測池, 檢測到的信號送至數據系統記錄、處理或保存。非抑制型離子色譜儀不用抑制器和輸送再生液的高壓泵, 因此儀器的結構相對要簡單得多, 價格也要便宜很多。

　　離子色譜儀分析系統采用了東曹自行開發的凝膠抑制方式，是搭載了自動進樣器的一體化高性能離子色譜儀分析系統。簡單的操作系統與高分辨率色譜柱的*結合，可以高速，高靈敏度并且簡便地測定陰離子和陽離子。此外，配備的系統控制及數據解析的離子色譜工作站，更提供了極為簡便地儀器控制功能以及高可信度的測定環境。